사시 수술은 눈을 움직이는 근육의 부착 부위를 떼어서 옮기는 방법으로 수술을 하게 됩니다. 눈을 오른쪽, 왼쪽으로 움직여서 눈의 흰자를 덮고 있는 결막과 테논낭이라는 것을 째고 들추면 눈 옆쪽에 눈을 움직이는 근육들이 붙어있는데, 그 부착 부위를 떼어서 더 뒤쪽으로 붙여준다든가 근육의 일부를 잘라내는 방식으로 수술을 진행합니다. 마취는 대개 전신 마취를 하지만 어른에서는 국소 마취로 할 수도 있습니다.

 사시 수술 후에 생길 수 있는 가장 큰 문제는 사시의 재발입니다. 사시의 종류에 따라서 다르기는 하지만 대략 20~50%정도의 환자에서 재발하는 것으로 보고되고 있습니다. 또한 재발하는 경우에 원래 가지고 있던 사시로만 재발하는 것이 아니고 눈이 밖으로 나가는 외사시였던 사람이 수술 후 재발할 때는 눈이 안으로 몰리는 내사시로 재발한다든가, 한쪽 눈이 위로 올라가는 수직사시나 해리상사위로 재발한다든가 외사시와 해리상사위가 함께 나타나는 형태로 재발한다든가 하는 것처럼 다양한 형태의 사시로 재발할 수 있다는 문제가 있습니다. 이와 같이 재발률이 높고 다양한 사시로 재발하는 것에 대해서 아직 정확한 원인은 밝혀져 있지 않지만 사시에 의해서 양안시 기능이 떨어져 있는 것(일부에서는 처음부터 양안시 기능이 떨어져 있기 때문에 사시가 생긴다는 주장도 있습니다.)때문으로 생각하고 있습니다.

 그리고 사시 수술 후에 과교정이나 저교정도 문제가 될 수 있습니다. 사시 수술은 맹장 수술처럼 수술을 했다 안 했다가 중요한 것이 아니고 어느 정도 수술을 했느냐가 중요합니다. 즉 사시에 의해서 눈이 돌아간 정도를 정확하게 측정해야 하고 측정된 수치에 따라서 눈을 움직이는 근육을 옮기거나 잘라내는 양을 정하게 됩니다. 이때에는 대개 오래 전부터 통계적으로 권장되고 있는 양에 따라서 수술을 시행하게 됩니다. 그 때문에 사람에 따라서 예측과는 달리 과교정되어 반대 방향의 사시 상태가 되거나 저교정되어 사시가 조금 남게 되는 경우도 생기게 됩니다. 과교정 되는 경우에는 물체가 두 개로 보이는 복시 현상이 나타나기도 합니다. 하지만 과교정이나 저교정된 양이 크지 않은 경우에는 대부분의 경우에서 시간이 지남에 따라서 눈이 제 위치를 찾아오게 됩니다. 오히려 약간 과교정된 상태가 수술 후 재발이 적다고 하여 일부에서는 약간 과교정 상태를 더 선호하기도 합니다.

이러한 과교정이나 저교정을 완전히 막는 방법은 없지만 사시 수술 후 조정술을 통하여 어느 정도 해결이 가능합니다. 사시 수술 후 조정술은 사시 수술을 할 때 매듭을 움직일 수 있는 형태로 만들어서 수술 환자가 완전히 깨어났을 때 사시각을 재어 수술량을 늘이거나 줄일 수 있는 방법입니다. 조정하는 시기는 수술 후 24시간 정도에 행하고 방법은 환자가 누운 상태에서 점안 마취제를 이용하여야 하므로 환자는 통증은 거의 느끼지 않으나 닿는 감각 정도는 느낍니다. 수술 후 생길 수 있는 과교정이나 저교정에 대해서 매우 효과적인 방법이지만 한 가지 문제점으로 나이가 어린 경우에 수술에 대한 공포감 때문에 시행이 어렵다는 문제가 있습니다.

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