하지만 질식 분만(자연 분만)을 하는 경우 질에 있는 임균에 의해 태아가 감염되어 결막염, 전신 감염, 관절염 등이 생길 수 있습니다. 그래서 아기가 태어나면 산모의 감염 여부에 상관없이 태아의 눈에 임질 예방약을 투여하도록 되어 있습니다. 

미국 산부인과 협회에서는 임신 중에 반드시 에이즈, 매독, 임질, 클라미디아 감염 등을 검사할 것을 권고하고 있으며 국내의 산부인과에서도 이를 시행하고 있습니다.

임신 중에 가장 어려운 문제는 치료입니다. 검사는 시행하면 되겠지만 항생제를 투여해야 하므로 태아에 영향이 없을까, 기형아가 나오는 것은 아닐까, 유산을 시켜야 되는가, 등 걱정이 많습니다. 치료하는 의사로써도 부담이 되는 것은 사실입니다만 치료제인 세프트리악손이나 스펙티노마이신이 미국식약청에서 B등급 (인간에서 위험성에 대한 증거가 없는 단계)으로 비교적 안전한 약물로 알려져 있습니다. 따라서 임신 중 임질을 치료하지 않고 방치하는 것은 더 큰 문제를 일으킬 수 있으므로 반드시 치료를 받으셔야 합니다. 또한 성 관계를 한 모든 상대가 검사와 치료를 받아야 하고 본인과 배우자의 치료가 완전히 완료될 때까지 성교를 하지 않아야 하며 치료 후에 증상이 다시 생기면 다시 검사해야 합니다.