요도는 외부로부터의 세균 침입을 방지하는 역할을 맡고 있습니다. 여성의 요도는 항문에서 가깝고 길이가 짧으며(대개 4cm) 음순 아래에서 끝나기 때문에 장의 세균이 정착하기 쉽습니다. 성관계 동안에 일어나는 요도의 마찰은 세균이 방광내로 들어가도록 하여 젊은 여성의 요로 감염에 중요한 인자가 됩니다. 뿐만 아니라 피임막이나 살정제의 사용이 질 입구의 정상 세균총을 급격히 변화시키고 대장균이 질내에 사는 것을 촉진시켜 요로 감염의 위험을 증가시킵니다. 남성은 해부학적으로 여성보다 세균 침입에 대해서 유리할 뿐 아니라 전립선액에 살균 작용이 있으므로 요로 감염의 빈도가 여성보다 낮습니다.

 하지만 성관계가 없는 경우에도 여성의 경우는 요도의 길이가 짧고 항문에서 가깝게 위치하고 있기 때문에 위생이 청결치 못할 경우 생길수 있습니다.

 그밖의 요로감염에 영향을 미치는 요인들로 요로폐쇄는 상부요로 감염의 중요한 원인 중의 하나로 소변의 배설을 방해하는 종양, 협착, 결석, 요로기형 또는 전립선비대는 수신증과 요로 감염의 빈도를 증가시킵니다. 방광의 신경분포 장애 예를 들면 척수손상, 척수로, 다발성 경화증, 당뇨 그 외에 다른 질환들이 요로 감염과 관계될 수 있습니다. 방광요관역류란 소변이 방광에서 역행하여 요관 때로는 신우까지 올라가는 것을 말하며 균이 쉽게 신장에 침입할 수 있습니다. 당뇨병, 면역이상 그리고 신이식후 면역억제제를 복용하고 있는 환자의 경우 중독한 요로감염이 발생할 수 있습니다.

 그밖에 비 감염성으로 항암제나 방사선 치료후 생길수 있는 방광염도 있습니다.